iTunesのアフィリエイトに限らずなんですが、LinkShareのAPIを使ってURLをLinkShare用のアフィリエイトURLを取得する事ができます。

use 5.010;
use Furl;

# LinkShareのtoken(管理画面で取得)
my $token = '';

# iTunesStoreのmid
my $mid = 13894;

# リンクしたいURL
my $murl = 'http://itunes.apple.com/';

my $furl = Furl->new();
my $url = 'http://getdeeplink.linksynergy.com/createcustomlink.shtml?token=' . $token;
$url .= '&mid=' . $mid;
$url .= '&murl=' . $murl;
my $res = $furl->get( $url );

if ( $res->is_success ) {
    my $content = $res->content;

    if ( $content =~ m/click.linksynergy.com/ ) {
        say $content;
    }
    else {
        say $content;
    }
}

tokenは、リンクシェア管理画面で
リンクの作成 -> Webサービス -> このサイトアカウントのトークン
で、取得。

以上。メモでした。