カウントしながらeachで回したろうかと思ったら、:eqってのがあるんですね。

<from>
  <input type="checkbox" name="hobby" value="1">サッカー
  <input type="checkbox" name="hobby" value="2">野球
  <input type="checkbox" name="hobby" value="3">バスケ
  <input type="checkbox" name="hobby" value="4">卓球
</form>

上みたいにidが無いinputがあるとして・・

// サッカーを選択
$("input[name='hobby']:eq(0)").attr("checked",true);

// 野球を選択
$("input[name='hobby']:eq(1)").attr("checked",true);

例えばチェックしたい場合だとこんな感じ。

jQuery再勉強中。